Na segunda temporada, o Master Chief John-117 lidera a sua equipa de Spartans de elite contra a ameaça alienígena conhecida como Covenant.

Na sequência de um acontecimento chocante num planeta deserto, John não consegue deixar de pensar que a sua guerra está prestes a mudar e arrisca tudo para provar o que ninguém quer acreditar: os Covenant estão a preparar-se para atacar o maior bastião da humanidade.

Com a galáxia ameaçada, John parte numa missão para encontrar a chave para a salvação da humanidade, ou para a sua extinção: o Halo.